Çöpten Gemi Sinekten Kaptan  Tâhirü'l-Mevlevî'nin Mevlânâ ve eseri Mesnevî'ye dair bazı yazılarını bir araya getirmektedir. Kitabın adı Mesnevî'de geçen bir hikâye ve bunun üzerine Tâhirü'l-Mevlevî'nin kaleme aldığı yazının başlığından mülhem.
İlk yazı Konya Halkevi Kültür Dergisi Mevlana Özel Sayısı'nda 1943'te yayımlanan bir mektup.  Konya Halkevi Kültür Dergisi'nin "Hazret-i Mevlânâ'nın hayatıyla felsefesinin tahlili teklifine" Tâhirü'l-Mevlevî'nin bir yazıyla cevap vermesidir. Dolayısıyla yazı Mevlânâ'nın hayatı ve düşüncelerine dair müellifin değerlendirmeleridir. 
İkinci yazı kitaba adına veren Çöpten Gemi Sinekten Kaptan. Bu yazı İslâm Yolu dergisinin 4 Kasım 1948 tarihli nüshasından alınmıştır. 
Mesnevî'den Öz ana başlığı altında müellifin  İlim • Hikmet • Tevbe • Zikir • Tefekkür • Muhabbet • Aşk • Bekârlık-Evlilik • Namaz • Zekât konularında Mesnevî'den seçtiği  pasajlardan meydana gelmekte. Bu bölüm İslâmın Nûru dergisinde  1951-1953 tarihleri arasında yayımlanmıştır.
Hazret-i Mevlânâ'nın Münâcatı başlığını taşıyan son kısım ise yine İslâmın Nûru dergisinde 1951 yılında yayımlanan yazıların derlenmesinden meydana gelmektedir.