Özofagusun embriolojik kökeni kaçınılmaz olarak öncelikle ön bağırsağın gelişmesini tetikleyen ve özellikle trakea akciğer ve midenni farklılaşmasından sorumlu olaylardan etkilenir. Özofagusun gelişmesini etkileyen ikincil olaylar ise özofagusun muskuler bir yapı ile sarılması ile sonuçlanacak olan menzenşimal olaylar ve diyafragmanın gelişmesini ve toraks ve abdomen boşluklarının ayrılmasıyla sonuçlanacak olan olayların başlatan mezodermal gelişme ve değişimlerdir.