Eserimizin ikinci cildi, bilim ile din arasındaki ilişkinin modern çağda geçirdiği dönüşümleri konu edinmektedir. Bu bağlamda özellikle Rönesans sonrasında Avrupa'da ortaya çıkan bilimsel devrim ve bunun düşünce dünyasında meydana getirdiği değişimler incelenir. Doğa araştırmalarının matematiksel yöntemlere dayalı yeni bir bilim anlayışı içinde gelişmesi ve modern bilimin kurumsallaşma süreci değerlendirilir.
Bu çerçevede Nicolaus Copernicus ile başlayan yeni kozmoloji anlayışı ile Galileo Galilei ve Isaac Newton tarafından geliştirilen mekanik evren modeli ele alınır. Gözlem, deney ve matematiksel açıklamanın birleşmesiyle oluşan bu yeni bilimsel yaklaşım, doğa olaylarının açıklanmasında geleneksel otoriteye dayalı düşünce biçimlerinin yerini alan bir paradigma değişimi olarak değerlendirilir.
Ciltte ayrıca XIX. ve XX. yüzyıllarda ortaya çıkan bilimsel kuramların düşünce tarihine etkileri de incelenir. Evrim kuramı ile modern fiziğin ortaya koyduğu yeni doğa anlayışı, bilim ile din arasındaki ilişkinin yeniden tartışılmasına yol açan gelişmeler arasında ele alınır. Bu bağlamda Charles Darwin'in evrim kuramı ile Albert Einstein ve Max Planck'ın modern fiziğe ilişkin kuramsal katkıları tarihsel ve felsefi çerçevede değerlendirilir.