Mimari tasarımı doğal taş bezemeleri ve yapılarının bazılarının Mimar Sinan'ın eserlerinin bulunduğu yazmalarda yer alması nedeniyle Gebze Çoban Mustafa Paşa Külliyesi Osmanlı mimarlık tarihinde önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada mimarlık tarihi sanat tarihi ve yapı malzemeleri jeolojisi (doğal taşlar) konusunda uzman üç akademisyen araştırmacı tarafından aradan geçen zaman içindeki bilgi birikimi ve yakın zamanda yayınlanan Çoban Mustafa Paşa Vakfiyesi'nde yer alan külliye yapıları bilgileri doğrultusunda bu yapıların mimari ve bezeme özellikleri bu yapılarda kullanılan doğal taşların türleri kökenleri ve devşirme doğal taş malzeme kullanımı ile külliyenin Osmanlı mimarisi bağlamında yeniden değerlendirilmesi yapılırken önceki yayınlarla külliyenin tespit edilen son durumu karşılaştırmalı olarak ele alınmıştır. Bu bağlamda külliye ve yapıları hakkında mevcut bilgilerin dışında yeni bilgi ve yorumlarla farklı bir bakış açısı sunmaya çalışan bu eserin konuyla ilgili yapılacak akademik çalışmalara önemli bir katkı sağlayacağı düşünülmektedir.